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Comment la Suisse fait face à la souche britannique du coronavirus

Image d'illustration | Creative Commons/Pixabay

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Il s’agit d’un sacré rebondissement, à quelques jours des fêtes de fin d’années. Le Royaume-Uni a annoncé un reconfinement face à une recrudescence de cas potentiellement liée à un nouveau variant du virus qui se transmet «bien plus facilement», a annoncé le Premier ministre Boris Johnson. Dans la foulée, plusieurs pays ont annoncé suspendre leurs vols en provenance du pays, dont la Suisse. La Confédération a également instauré, ce 21 décembre 2020, une quarantaine obligatoire et rétroactive pour toute personne arrivée du Royaume-Uni (ou d’Afrique du Sud, où une variante proche a aussi été détectée) après le 14 décembre. Le point sur la situation.

Pourquoi c’est important. Tout d’abord, une nuance: l’imaginaire associé au mot «mutation» fait peur, mais pour l’heure les données ne suggèrent pas que cette mutation provoque des formes plus graves de la maladie. En revanche, si cette souche venait à devenir prédominante, elle pourrait entraîner de plus grandes difficultés à contrôler l’épidémie, selon les données britanniques. Et venir compliquer encore l’exercice d’équilibriste sanitaire auquel se livrent les Etats à travers des mesures contraignantes telles l’interdiction des rassemblements privés ou la fermeture des écoles…

Qui est concerné. L’OFSP tenait ce 21 décembre 2020 une conférence spéciale suite aux décisions du Conseil fédéral. Cornelia Lüthy, vice-directrice au Secrétariat d'État aux migrations, explique que les ressortissants de Grande-Bretagne et d'Afrique du Sud ne sont plus autorisés à entrer en Suisse, mais que cette décision ne s'applique pas aux personnes titulaires d'un permis de séjour en Suisse. La quarantaine obligatoire est rétroactive et s’applique pour toute entrée postérieure au 14 décembre. Il appartiendra aux cantons de la faire respecter.

Combien de personnes sont précisément concernées? Le Conseil fédéral a demandé aux compagnies aériennes de lui transmettre leurs listes des passagers. Patrick Mathys, chef de la section gestion de crise et coopération internationale de l’OFSP, détaille qu’il y a eu 92 vols depuis la Grande-Bretagne et 4 vols depuis l’Afrique du Sud à destination de la Suisse depuis le 14 décembre.

La souche virale. Le New and Emerging Respiratory Virus Threats Advisory Group (NERVTAG) britannique, dans le compte rendu de sa réunion du 18 décembre 2020, fournit quelques chiffres sur cette souche virale mutée. Le 21 décembre, le NERVTAG a révisé l’indice de confiance de ses conclusions, passant de «modéré» à «élevé» .

  • Elle semble plus rapide que les autres souches virales à s’imposer dans la population: son taux de croissance est de 67 à 75% plus élevé que celui des autres variants du virus recensés au Royaume-Uni.

  • Son effet sur la contagiosité semble important: les chercheurs britanniques évoquent une augmentation de 0,39 à 0,93 du nombre de reproduction Re de l’épidémie. Autrement dit, chaque malade porteur de ce variant du virus contaminerait en moyenne une personne de plus que les autres malades de Covid-19.

  • Cette contagiosité semble aussi mise en évidence par les examens PCR: les porteurs symptomatiques de cette variante excrètent quatre fois plus de virus dans le nez et la bouche.

  • Elle semble toucher en majorité des personnes de moins de 60 ans. Des analyses génétiques rétrospectives suggèrent que ce variant est apparu le 20 septembre dernier dans le Kent, avant de se propager dans le pays et à l’international.

Les mutations. Elles sont au nombre de 17, résume l’OMS. Plusieurs d’entre elles semblent affecter sa transmissibilité:

  • La mutation N501Y altère un acide aminé clé dans le domaine de liaison (receptor binding domain, ou RBD) de la protéine S du virus, celle qui se lie aux cellules humaines. C’est cette mutation qui a également été retrouvée en Afrique du Sud, par exemple.

  • Une autre mutation a été détectée dans le RBD: P681H.

  • Enfin, une dernière mutation, plus précisément une délétion d’un gène en position 69/70 affecte la performance de certains tests PCR. Toutefois, la plupart des tests PCR utilisés dans le monde utilisent plusieurs gènes pour cibles, de sorte que l’impact sur le diagnostic ne risque pas d’être significatif.

Ce que cela signifie. Les chercheurs du NERVTAG expliquent craindre que ce variant du virus ne se transmette beaucoup plus facilement que les autres. On comprend pourquoi: si cette souche virale devenait prédominante, cela rendrait encore plus difficile la maîtrise de l’épidémie, arrachée à coût de mesures sanitaires drastiques faisant péniblement chuter le Re de quelques dixièmes. De quoi justifier les mesures adoptées au Royaume-Uni.

Les scientifiques britanniques s’inquiètent aussi que ce nouveau variant puisse échapper aux anticorps développés par des personnes ayant déjà contracté une autre souche de la maladie. Ils soulignent manquer de données à ce stade, mais notent qu’au moins quatre réinfections probables ont été identifiées parmi 915 porteurs de cette souche virale. Les travaux en question, disponibles en prépublication, n’ont pas encore été publiés, car les investigations sont toujours en cours.

Le NERVTAG souligne toutefois que les données actuelles sont insuffisantes à ce stade pour conclure sur les causes biologiques de cette contagiosité accrue.

Les effets sur la vaccination restent encore incertains. Mais à court-terme, il est peu probable que les mutations accumulées par ce variant de Sars-Cov-2 réduisent à néant l’efficacité des vaccins, expliquait l’épidémiologiste britannique Trevor Bedford sur Twitter. Néanmoins, de multiples mutations pourraient entraîner un déclin progressif de leur efficacité, qui impose de changer régulièrement de souches virales, un peu comme le vaccin contre la grippe. Une raison de plus pour suivre de près ces variants.

Les doutes. Ce n’est pas la première fois en 2020 qu’une souche mutée de Sars-Cov-2 sème la panique. Début novembre, des chercheurs s’étaient inquiétés de la propagation rapide d’un variant espagnol du virus, qu’ils pensaient plus contagieux, sans que ce ne soit finalement le cas. «Au vu du nombre de cas de Covid-19 dans le monde, ce n’est sûrement pas la première fois que la contagiosité est affectée par une mutation, mais c’est la première fois qu’on le détecte clairement», explique sur Twitter Ewan Birney, directeur adjoint du Laboratoire européen de biologie moléculaire.

Dans les colonnes de Science, le virologue allemand Christian Drosten rappelait qu’il y a encore beaucoup d’inconnues sur la contagiosité de cette nouvelle souche, et que celle-ci porte aussi une mutation sur un autre gène suspecté de limiter la contagion, ce qui pourrait rééquilibrer la donne.

Au vu du contexte épidémique tendu, rendu encore plus mouvant par les déplacements de population et rassemblements pour les fêtes de fin d’année, on comprend que le gouvernement britannique ait préféré jouer la prudence. Une façon, aussi, de faire passer la pilule d’un reconfinement autrement difficile à avaler?

La situation en Suisse. Interrogé à ce sujet pendant la conférence de presse de l’OFSP du 21 décembre, Patrick Mathys répond que le risque est tout simplement trop grand.

«Même si la contagion n’était pas augmentée de 70% mais de seulement 20%, ce serait déjà trop.»

Le 22 décembre, toujours à l’occasion d’une conférence de presse, Tanja Stadler, membre de la Science Task force nationale sur le Covid-19, précise la situation:

«Pour l’instant, nous n’avons pas observé ce variant en Suisse, mais nous supposons qu’il est déjà là. Nous partons du principe que dans un vol sur deux arrivé du Royaume-Uni, au moins une personne en soit porteuse. »

Le suivi des mutations. Cette souche virale a déjà été détectée ailleurs en Europe, notamment en Italie, au Danemark, en Islande, en Australie et au Pays-Bas, précise l’OMS. Or, le Royaume-Uni dispose d’un des systèmes de suivi génomique du virus les plus sophistiqués au monde, ce qui pourrait expliquer pourquoi il a été le premier pays à la mettre en évidence. Dans un communiqué, l’OMS rappelle que 5 à 10% des cas de Covid-19 dépisté au Royaume-Uni depuis le début de l’épidémie ont mené à un séquençage de routine des virus. Dans la plupart des pays, dont la Suisse, le séquençage du génome viral complet à l’occasion des tests de dépistage PCR est loin d’être systématique: environ 1% des tests positifs. L’on pourrait imaginer que davantage de séquençages soient réalisés là où il y a eu affluence de touristes britanniques.

Or, l’une des mutations du variant britannique cible le gène codant la protéine S du coronavirus. Cela peut-il compliquer sa détection par RT-PCR? Non, car ces tests ciblent plusieurs gènes du virus, explique le Professeur Gilbert Greub, directeur de l’Institut de microbiologie du CHUV.

«Les tests PCR que nous utilisons à Lausanne et dans la plupart des laboratoires en Suisse ciblent au moins deux cibles génétiques, justement pour s’affranchir du risque de non-détection en cas de mutation, car l’on sait que les virus ARN mutent.»

Il ajoute:

«Nous avons la capacité de séquencer le génome viral dans plusieurs laboratoires suisses. Pour l’instant, nous n’avons pas détecté de séquence récente de ce variant britannique, mais la situation pourrait évoluer rapidement. Dans notre laboratoire, nous avons les moyens de séquencer 50 échantillons à la fois, et pourrions séquencer plus d’échantillons si nécessaire. Pour l’instant, ce n’est pas fait de façon systématique, mais plutôt lorsqu’on se pose des questions suite à un test positif: par exemple, lorsque quelqu’un contracte une deuxième infection à Covid-19 plus de trois mois après avec un nombre de copies du virus élevé.

Avec la Société Suisse Microbiologie (SSM), nous avons proposé à l’OFSP de procéder à des séquençages de routine dans un but de surveillance, mais c’est une question de coût et de volonté politique. C’est l’OFSP qui décidera de nous donner ou non le mandat pour le faire.»

L’OFSP prend la situation au sérieux: le taux de séquençage va en effet être renforcé. Le 22 décembre, Tanja Stadler précisait en conférence de presse:

«Aujourd’hui, l’on séquence entre 100 et 300 génomes viraux par semaine, soit 1% des tests positifs. Mais nous travaillons avec les laboratoires pour en faire davantage, et espérons savoir d’ici quelques jours si le variant est déjà là.»

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