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Le casse-tête des origines d'Omicron

NEXTSTRAIN.ORG, ADAPTED BY N. DESAI/SCIENCE

D’où vient le variant Omicron? Plusieurs hypothèses s’affrontent pour expliquer le profil des mutations «exubérantes» du variant. La principale bizarrerie, relève Science — notamment à travers le graphe ci-dessus — est la suivante: Omicron ne s’est pas développé à partir d’un précédent variant, par exemple Alpha ou Delta, mais à partir d’une souche plus ancienne. Il semble avoir évolué en parallèle, depuis environ mi-2020.

Pourquoi c’est mystérieux. Trois explications alternatives s’affrontent, expliquent les chercheurs:

  • le variant pourrait être né de la circulation du virus au sein de la population humaine hors des réseaux de surveillance,

  • il pourrait aussi trouver son origine au sein d’un réservoir animal, par exemple des populations de rongeurs,

  • enfin il pourrait être apparu (comme on le suspecte aussi pour Alpha) chez une personne immunodéprimée, chez qui le virus se serait multiplié un grand nombre de fois — favorisant la survenue de mutations — dans un système immunitaire lui opposant peu de résistance. Des travaux en prépublication ont détaillé un cas de ce type, où une jeune femme atteinte par le VIH — et non traitée — a été porteuse du virus pendant plus de six mois.

Le match. Les chercheurs interrogés par Science ont chacun leur opinion. La troisième gagne progressivement du crédit dans la communauté scientifique. Mais pour l’heure, il est difficile de trancher à coup sûr.

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