La Suisse doit voir plus loin que Covid-19

Laurent Bächler

La Suisse doit renforcer la surveillance des agents pathogènes à long terme afin d'être prête pour la prochaine pandémie, écrit Laurent Bächler, responsable de programme au sein du think tank «Pour Demain», qui s'engage pour la prévention des pandémies et la biosécurité.

Le Conseil fédéral a décidé, mercredi 18 mai, comment gérer Covid-19 jusqu’au printemps 2023. Parmi les nombreuses incertitudes, une évidence: la prochaine pandémie aura lieu. Les chercheurs prévoient environ quatre pandémies par siècle. Tant pour Covid-19 que pour les pandémies à venir, le monitoring est un élément central pour protéger efficacement la population et l'économie.

En Suisse, l'évolution de l’épidémie de Covid-19 est observée de différentes manières: grâce au dépistage, à un système de surveillance des hôpitaux et à la détection des fragments de virus Sars-CoV-2 dans les eaux usées.

Horizon 2023, mais ensuite?

Actuellement, le Conseil fédéral ne s'exprime pas clairement sur la poursuite de la surveillance après le printemps 2023. Pour la suite, beaucoup d'incertitudes subsistent. Pourtant, il est clair que notre pays devrait déjà prendre d’importantes mesures pour continuer à lutter contre l’épidémie de Covid-19 et pour se préparer efficacement à la prochaine pandémie.

Lire aussi: Berne impose sa stratégie de surveillance de l’épidémie de Covid pour les prochains mois

À l’heure où de moins en moins de personnes se font tester, les systèmes de surveillance indépendants, comme la surveillance des eaux usées, jouent un rôle particulièrement important. En collaboration avec les cantons, l'OFSP coordonne actuellement un système de surveillance qui analyse les eaux usées de plus de 100 stations d'épuration et couvre environ 70% de la population.

Dans certaines stations d'épuration, ce n’est pas seulement la présence du Sars-Cov-2 qui est scrutée, mais aussi celle d’autres pathogènes tels les virus de la grippe ou les norovirus, dans le cadre d'un projet de recherche mené par l'Institut de recherche de l'eau Eawag en collaboration avec l'EPFL et l’ETHZ. Institutionnaliser ce monitoring pour la future surveillance des virus au-delà de 2023 s'impose comme une évidence.

Des technologies plus récentes, comme le séquençage métagénomique, permettraient, en outre, d'analyser les eaux usées pour détecter des agents pathogènes encore inconnus. Une piste pour détecter les prémices d’une épidémie et réagir à temps.

Et la surveillance des eaux usées ne permettrait pas seulement de détecter la propagation des maladies. Elle pourrait également aider à investir d’autres champs de recherche comme le développement de la résistance aux antibiotiques. Selon un article publié récemment dans la revue Nature, 1.3 million de personnes meurent déjà chaque année à cause de la résistance aux antibiotiques. Au Danemark, les eaux usées sont déjà analysées pour de tels contrôles.

Lire aussi: 103 stations d'épuration des eaux usées suivent désormais le Sars-CoV-2 à la trace

Une autre possibilité serait d’investir des ressources dans des lieux stratégiques comme les aéroports et les hôpitaux, avec des tests cliniques ou des échantillonnages d'eaux usées. Là encore, l’idée serait d’inclure le screening du plus grand nombre possible de pathogènes qu’ils soient connus ou non, en ayant recours à la métagénomique.

Rien sans données centralisées

Pour permettre une surveillance et une préparation optimales des pandémies, il ne suffit pas de collecter des données, il faut aussi les centraliser, les traiter, les interpréter et les rendre accessibles au public. Depuis 2017, il existe en Suisse une plateforme d'échange de données génomiques d'agents pathogènes: la Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP), soit la plateforme suisse de surveillance des pathogènes. Sur cette plateforme, des données génomiques sur le Sars-CoV-2 sont notamment collectées et mises à disposition, ce qui permet de suivre la façon dont le génome du virus se comporte dans le temps. Le financement de la plateforme n'est toutefois assuré que jusqu'à la fin de l'année par des fonds de recherche et de fondation.

Lire aussi: Vous avez dit «Data literacy»?

Les acteurs qui géreront la pandémie de demain ont besoin d'une sécurité de planification au-delà du printemps 2023. Des signaux clairs sur la façon dont Covid-19 sera géré à l’avenir aideront l'ensemble du réseau. Il faut obtenir la garantie que les nombreuses connaissances acquises lors de cette pandémie ne s’évanouiront pas.

Utilisons ensemble les connaissances et les progrès issus de l’épreuve que nous venons de traverser pour développer durablement le dispositif suisse en vue de la prochaine pandémie. En s'y engageant dès maintenant, la Suisse peut rendre son avenir plus sûr.