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REPORTAGE – Dans le laboratoire du CHUV où est testé le coronavirus

Laboratoire dédié aux tests de coronavirus à l'Institut de microbiologie du CHUV, à Lausanne. | Keystone / POOL / Denis Balibouse

En raison des circonstances exceptionnelles et de l'intérêt public de cet article pour comprendre les enjeux sanitaires de la crise du coronavirus, nous le mettons à disposition gratuitement pour tous nos lecteurs.

Depuis ce lundi 23 mars, le laboratoire de microbiologie du CHUV à Lausanne est capable de procéder à 1140 tests de dépistage du coronavirus par jour. Le matériel nécessaire pour effectuer ces dépistages est encore livré et du personnel supplémentaire a été formé pour répondre à cette charge exceptionnelle. Reportage sur place.

Pourquoi c’est intéressant. Dans tout le pays, les laboratoires font face à un afflux massif de prélèvements à analyser. Les capacités ont été augmentées partout et des centres dédiés au seul Covid-19. Les prélèvements leur parvenant dans la journée, les équipes spécialisées du CHUV travaillent le soir, jusque vers 3 heures du matin. Les médecins disposent ainsi des résultats dès l’aube et peuvent informer leurs patients dans la foulée. Les résultats sont aussi envoyés aux médecins cantonaux et à l’OFSP, par mail sécurisé.

Le laboratoire. Au CHUV, le laboratoire de dépistage de Covid-19 est géré par l’Institut de microbiologie, qui dispose de plusieurs locaux et robots pour mener ces diagnostics à bien. Il effectue des analyse pour 60 partenaires différents répartis dans le canton de Vaud et en Suisse romande. Face à l’épidémie, une mutualisation des ressources est effectuée et l’institut aide d’autres laboratoires quand c’est nécessaire. La solidarité dans ce domaine-là existe également.

L’évolution des analyses. Le 28 février, le CHUV enregistrait son premier cas de Covid-19. Depuis, le nombre de tests effectués chaque jour est en hausse soutenue. Gilbert Greub, directeur de l'Institut de microbiologie:

«De 285 tests par jour, nous sommes rapidement passés à 475 tests par jour, puis 760. Depuis ce 23 mars, nous pouvons en effectuer 1140 par jour.»

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Gilbert Greub montre l'évolution du nombre de tests effectués au laboratoire de microbiologie du CHUV. | Keystone / POOL / Denis Balibouse

Les défis. Pour pouvoir assurer une telle capacité, l’institut a dû complètement se réorganiser et s’assurer de disposer de réactifs et de matériel de laboratoire en suffisance. Gilbert Greub:

«Nous avons dû former du personnel supplémentaire et aujourd’hui une vingtaine de personnes sont dédiées à ces analyses. Actuellement, nous avons assez de réactifs pour 5000 tests. Vingt mille kits supplémentaires ont été commandés.»

Malgré les réserves de réactifs disponibles au CHUV, le risque de pénurie reste un souci quotidien. Pour y remédier, Gilbert Greub et son équipe ont opté pour une stratégie de diversification:

«En routine, nous utilisons quatre machines, toutes de fournisseurs différents. Ainsi, Seegene, en Corée du Sud, peut continuer à livrer du matériel. Roche également continue à nous livrer le matériel de laboratoire dont nous avons besoin. Cette approche multilatérale est très utile en ce moment où la demande internationale est très forte.»

Les limites. Malgré l’approvisionnement régulier en réactifs et en matériel d’analyse indispensable, les stocks de l’institut sont limités. Il est donc nécessaire de réserver les tests aux personnes présentant des symptômes. Gilbert Greub:

«Je comprends l’intérêt qu’il y a à tester tout le monde pour pouvoir définir la prévalence de la maladie dans la population. Aujourd’hui, nous ne pouvons pas nous permettre de procéder ainsi. Le plus important est de savoir si les personnes présentant des symptômes sont bel et bien infectées par le coronavirus. C’est pour les malades que nous devons assurer notre capacité à effectuer des diagnostics. Que se passerait-il si nous ne pouvions plus effectuer de diagnostic parce que nous avons utilisé toutes nos capacités de tests à des fins de recherche épidémiologique?»

La visite du laboratoire.

  • Les échantillons sont pris en charge au nouveau laboratoire de sécurité de niveau P3, pour l’heure exclusivement dédié à l’analyse des échantillons Covid-19.

  • Les tubes provenant de différents lieux de prélèvements sont placés dans un sas.

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Keystone / POOL / Denis Balibouse

  • Une fois les échantillons déballés et triés, la saisie peut commencer: les données personnelles liées à chaque échantillon sont entrées dans un système informatique pour assurer la traçabilité des informations.

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  • Un laborantin procède ensuite à l’étape de l’aliquotage. Il s’agit de transférer les échantillons réunis dans les tubes de prélèvements dans de petits puits compatibles aux robots d’analyse. Les échantillons sont répartis dans trois petits puits: un pour l’analyse, un second pour un éventuel contrôle, un troisième à des fins d’archives. Le prélèvement est mélangé à une petite quantité de solution tampon (PBS, tampon phosphate salin). C’est la préparation des échantillons qui se pratique habituellement en laboratoire.

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    Keystone / POOL / Denis Balibouse

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Keystone / POOL / Denis Balibouse

  • Les puits sont ensuite conditionnés sur des plaques permettant d’analyser 96 prélèvements en même temps.

  • Le premier robot utilisé dans la procédure permet d’extraire l’ARN du virus, c’est-à-dire son matériel génétique, éventuellement présent dans l’échantillon. L’extraction de l’ARN de 96 échantillons réunis sur une plaque dure environ une heure.

  • Une fois que l’ARN du virus est extrait, un premier réactif permet de transformer (rétrotranscrire) l’ARN en molécule d’ADN complémentaire, pour que le séquençage puisse être effectué.

  • Se déroule ensuite l’opération de séquençage génétique en temps réel (RT-PCR), sur l’échantillon contenant désormais de l’ADN. L’opération est effectuée par un robot qui permet de traiter 384 puits en même temps.

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    Keystone / POOL / Denis Balibouse

1. Une portion d’ADN caractéristique du virus est sélectionnée et transcrite grâce à une enzyme (polymérase). Le nombre de brins est ainsi multiplié par deux à chaque cycle, et suit une évolution exponentielle. C’est la PCR («polymerase chain reaction»).

2. Au cours de cette étape, qui dure environ une heure, l’appareil détecte le nombre d’opérations de transcription ayant lieu dans l’échantillon, par fluorescence. C’est l’aspect «temps réel» («real time») de la RT-PCR.

3. Un système automatisé interprète ensuite les courbes d’amplification. Les résultats positifs sont dès lors faciles à visualiser grâce aux courbes obtenues. Il est ainsi possible d’inférer la quantité approximative de virus initialement présente dans l’échantillon.

La suite. La Dre Katia Jaton, responsable du laboratoire de biologie molléculaire de l’Institut de microbiologie du CHUV:

«Notre rôle est de donner les résultats des analyses effectuées. Si c’est négatif, l’information est envoyée par SMS. Si c’est positif, l’information est communiquée par téléphone. S’il s’agit d’un patient hospitalisé au CHUV, le médecin s’occupe d’informer le patient.»

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Cet article a été produit dans le cadre du pool mis en place par les autorités vaudoises pour couvrir l'actualité du coronavirus et dont fait partie Heidi.news, avec Keystone/ATS et les journaux membres de l'Association Vaud Presse.

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