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Variant Delta: l'étude qui prédit une flambée de l'épidémie après l'été

Image d'illustration | Pixabay

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Alors que les activités touristiques estivales battent leur plein, les plus inquiets se demanderont, en scrutant la progression du variant Delta à l’étranger: le Conseil fédéral a-t-il eu raison de décider d’assouplissements? L’efficacité, après un schéma vaccinal complet de deux doses, des vaccins autorisés en Suisse est rassurante, mais la faible proportion de personnes pleinement vaccinées — 36% au 30 juin — est encore loin d’offrir une immunité collective suffisante. Et la part du variant Delta augmente: elle est passée en quelques semaines de moins de 5% jusqu’à 37% (en date du 17 juin).

Pourquoi c’est sensible. Dans les faits, c’est une course contre la montre qui va se jouer cet été entre progression de la campagne de vaccination et celle de Delta dans la population. Or, en Suisse, les autorités ont toujours été claires: pas plus qu’avec une autre maladie, il n’y aura de vaccination obligatoire contre Covid-19. Il faudra aussi composer, à la rentrée, avec la réouverture des écoles, qui pourraient de nouveau devenir des foyers de Covid-19, d’ici à ce que les vaccins soient autorisés sur les populations pédiatriques.

La situation actuelle. Selon le dernier bulletin de situation épidémiologique de la task force scientifique Covid-19, la part des PCR positives criblées de souche Delta est passée de 4,6% — la semaine du 30 mai — à 23,1% — semaine du 14 juin — en seulement deux semaines. Samia Hurst-Majno, professeure de bioéthique à l’Université de Genève et membre de la task force, résume les enjeux:

«Jusqu’à assez récemment, le variant ne prenait pas, mais la situation a évolué. Tant que le nombre de cas positifs demeure relativement bas, il faut malgré tout avoir conscience de la marge d’erreur possible sur ce chiffre. En revanche, on sait, grâce à des travaux réalisés à l’étranger, que Delta est plus contagieux. Il ajoute à Alpha (qu’on a longtemps appelé variant “britannique”, ndlr.) une contagiosité additionnelle du même ordre de grandeur qu’avait Alpha par rapport à la souche historique de la première vague.»

Mais le spectre de Delta se rapproche. Le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) estimait récemment qu’«il représentera 90% de tous les virus Sars-CoV-2 circulant dans l'Union européenne» d’ici à la fin août. Difficile d’imaginer que la Suisse puisse y échapper.

Adapter les objectifs. Peut-on anticiper l’évolution de Delta afin de réagir au plus vite en cas de retournement de situation? Cela demeure pour l’instant délicat, poursuit Samia Hurst-Majno. «Comme une partie de la population est désormais immunisée, et avec des cas au départ relativement peu nombreux, nous ne sommes plus dans la situation de fin 2020 ou de début 2021 où nous aurions eu rapidement le couteau sous la gorge. Face à une inversion de la tendance, il y a plus de temps pour réagir.»

Ce risque préoccupe néanmoins la task force. Dans les colonnes de la NZZAmSonntag, son vice-président, le professeur Urs Karrer, appelait à accélérer le rythme de la campagne de vaccination: «Pour éviter une lourde vague à l’automne prochain, il est nécessaire qu’autant de personnes que possible soient vaccinées d’ici là contre le coronavirus. Cela implique de vacciner bien plus que 60% de la population adulte. L’objectif est d’atteindre 80% de couverture vaccinale.»

A quoi s’attendre. Concrètement, il est difficile d’estimer l’ampleur, vague ou vaguelette, que pourra prendre une reprise épidémique en Suisse. «C’est difficile de le prédire aujourd’hui, explique Samia Hurst-Majno. Ce qui sera déterminant, c’est le nombre de personnes qui se feront vacciner au cours des prochaines semaines, ce qui est impossible à modéliser». En revanche,

«la proportion de personnes entièrement immunisées pourra constituer un frein. En fait, la vaccination influence la dynamique de l’épidémie, c’est-à-dire la rapidité avec laquelle la situation est susceptible d’évoluer.»

La professeure de bioéthique rappelle: «Ce n’est pas une hausse des cas en tant que telle qu’il faut craindre, mais une augmentation du nombre de cas graves. Nous avons un intérêt collectif à éviter l’engorgement des hôpitaux pour préserver l’accès au soin et empêcher les retards de prise en charge pour des pathologies comme le cancer.»

Ailleurs en Europe, des modélisateurs se sont prêtés au jeu de la prospective. Par exemple, l’institut Pasteur, en France, qui a livré une étude en prépublication — pas encore relue par les pairs — sur la dynamique d’une nouvelle vague épidémique nourrie par le variant Delta au sein d’une population partiellement vaccinée, ce qui est le cas en France, comme en Suisse. Ses conclusions:

  • Dans le scénario de référence, caractérisé par une couverture vaccinale de respectivement 30%-70%-90% chez les 12-17, 18-59 et plus de 60 ans avec un nombre de reproduction de base R0=4 — une estimation pour le variant Delta —, un pic d’hospitalisations comparable au pic de l’automne 2020 pourrait être observé en l’absence de mesures de contrôle.

  • Un certain niveau de contrôle de l’épidémie pourrait donc être nécessaire cet automne.

  • Les personnes non-vaccinées contribuent de façon disproportionnée à la transmission : une personne non-vaccinée a 12 fois plus de risque de transmettre le SARS-CoV-2 qu’une personne vaccinée. Les adultes non-vaccinés contribuent de façon disproportionnée à la pression sur le système de santé.

  • Dans ce scénario 30%-70%-90%, les personnes non-vaccinées de plus de 60 ans représentent 3% de la population, mais 35% des hospitalisations.

  • La couverture vaccinale étant faible chez les enfants et adolescents, ce groupe représente 22% de la population, mais à peu près la moitié des infections. Par ailleurs, ces derniers sont à l’origine d’à peu près la moitié des transmissions.

  • Dans ce modèle, les chercheurs français considèrent qu’il existe un certain niveau d’immunité naturelle obtenue après infection à Covid-19. Ils considèrent qu’au premier septembre 2021, 25% de la population française bénéficiera d’une immunité naturelle. Les chiffres suisses pourraient être assez similaires: de nouvelles enquêtes de séroprévalence sont en cours. Dans le canton de Bâle, des résultats préliminaires publiés au printemps suggèrent qu’au moins 21% de la population possède des anticorps contre Sars-CoV-2.

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Impact de la distribution de la vaccination sur l'ampleur de la vague épidémique à l'automne avec le variant Delta | Institut Pasteur

Dans le cas où le variant Delta fait grimper R0 non pas à 4, mais à 5, la hauteur de la vague augmente également, ce que montre le graphe ci-dessus. Autre conséquence: avec R0 à 4 ou 5, il semble impossible de rester sous le pic maximal de la première vague si la vaste majorité — soit 90% — des adultes ne sont pas vaccinés.

L’impossibilité des mesures différenciées. Ces travaux de modélisation suggèrent que les interventions non pharmaceutiques — port du masque, etc. — ont quasiment le même impact selon qu’elles visent toute la population, ou seulement les personnes non vaccinées. A l’occasion d’une conférence de presse, Alain Berset avait expliqué qu’il n’était pas envisageable d’imposer le port du masque aux personnes non-vaccinées là où les personnes vaccinées en sont dispensées.

Samia Hurst-Majno précise: «Réserver le port du masque aux non-vaccinées est problématique, car cela reviendrait à demander à chacun d’afficher son statut vaccinal. » Elle rappelle aussi l’enjeu éthique à ce que la vaccination ne soit pas obligatoire:

«J’entends beaucoup dire que les personnes non vaccinées n’auraient qu’à assumer le risque qu’elles prennent si elles tombent malade. C’est un choix collectif que la vaccination soit facultative, et nous devons donc rendre ce choix possible. Des mesures complémentaires, si elles s’avèrent nécessaires, pourraient être le prix de cette liberté.»

Le rôle des enfants. Les travaux de modélisation qui précèdent montrent que ces derniers joueront un rôle central. «Ce que montre l’exemple d’Israël, où 87% de la population adulte est vaccinée, c’est que les écoles ont joué un rôle dans la formation de clusters en juin», rappelle Samia Hust-Majno. Or, il faudra encore patienter quelques mois pour la vaccination des enfants de moins de douze ans, le temps que les essais cliniques des fabricants sur ces populations soient achevées, vraisemblablement en 2022, et que Swissmedic accorde son autorisation.

Des risques même avant la rentrée? Delta pourrait-il «gâcher l’été»? En France, c’est sur cette peur qu’a joué le ministre de la Santé Olivier Veran pour inciter la population à se faire vacciner dès que possible, même en vacances.

Les prochaines semaines seront donc cruciales. Il faut compter six semaines afin d’obtenir une protection complète: trois à quatre semaines — selon qu’il s’agisse du vaccin de Pfizer ou de celui de Moderna — au minimum entre deux doses, ce à quoi il faut encore ajouter deux semaines pour obtenir un schéma vaccinal complet.

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