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Un des chaînons manquants de Sars-CoV-2 trouvé chez des chauves-souris au Laos

Flickr / Marko Mikkonen

La recherche des origines de Covid-19 se poursuit avec, en toile de fond, le débat sur la thèse de l’émergence en laboratoire. Une nouvelle pièce vient d’être versée à ce débat, encore en pré-publication. Des chercheurs des instituts Pasteur de Paris et du Laos ont identifié chez des chauves-souris du Nord-Laos plusieurs coronavirus dont le récepteur présente une proximité inédite avec le Sars-CoV-2 humain – bien plus importante que le plus proche congénère identifié à ce jour, RaTG13, dans le sud de la Chine. Cette découverte milite en faveur d’une émergence naturelle du virus, sans pour autant clore le débat. Et c’est le New York Times qui en parle le mieux.

Ce que ça signifie. Tous les coronavirus disposent d’un spicule qui leur permet de se lier aux récepteurs des cellules qu’ils infectent – dans le cas de Sars-CoV-2, il s’agit du récepteur ACE2, présent notamment dans les cellules des voies respiratoires humaines. Les trois virus identifiés au Laos en 2020, baptisés BANAL-52, BANAL-103 et BANAL-236, partagent avec Sars-CoV-2 la séquence codant pour la partie utile du spicule (appelé «domaine de liaison du récepteur»). En somme, cette découverte montre que des coronavirus de chauve-souris peuvent développer, en milieu naturel, une capacité à infecter efficacement l’homme.

Un arbre généalogique touffu. La grande proximité entre Sars-CoV-2 et les trois BANAL ne porte pas sur l’ensemble du génome, mais seulement sur une petite portion d’importance cruciale. Les virus laotiens ne sont donc pas des ancêtres en droite ligne de Sars-CoV-2. Mais lorsque deux virus de la même famille se croisent chez un hôte commun, il leur est parfois possible d’échanger des portions de génome. Ce phénomène de recombinaison pourrait expliquer que des morceaux de Sars-CoV-2 se retrouvent dans plusieurs lignées de virus de chauves-souris. C’est en tout cas la thèse des chercheurs. Où et au sein de quel hôte a eu lieu cette recombinaison, cela reste un mystère.

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A lire dans le New York Times (EN)