Pourquoi le variant indien est désormais jugé «préoccupant»

Une patiente Covid-19 probable reçoit de l'oxygène dans un temple Sikh, dans les environs de Delhi, le 10 mai 2021. | Keystone / EPA / Idrees Mohammed

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Ça se précise. Alors qu’il était jusque-là considéré comme un simple variant d’intérêt, l’une des trois souches du variant «indien» vient d’être qualifiée de «préoccupante» par les autorités britanniques. Dans un rapport en date 7 mai 2021, l’agence Public Health England le considère désormais comme «au moins aussi transmissible» que le variant dit britannique. Le 10 mai, l’OMS a confirmé ce changement de statut.

Pourquoi c’est important. Les données de surveillance génomique montrent une progression notable de la proportion de cas associées au variant indien B.1.617.2, et les signes d’une transmission active en Angleterre. Cette transmissibilité accrue reste à étayer et surtout à quantifier. Si le variant indien s’avère beaucoup plus transmissible que l’actuel variant dominant, il pourrait menacer la réouverture en cours en Europe.

Le contexte. Le variant B.1.617, dit «indien», a été identifié fin mars 2021 par les autorités indiennes et semble en lien avec la résurgence épidémique dans le pays – notamment dans la région de Bombay. On sait encore très peu de choses sur ce variant, si ce n’est qu’il comporte un certain nombre de mutations suspectes liées de près ou de loin à la protéine Spike, qui pourraient lui conférer une transmissibilité accrue ou une capacité d’échappement immunitaire.

Il existe trois sous-lignées du variant «indien», baptisées B.1.617.1, B.1.617.2 et B.1.617.3, et qui se distinguent par quelques mutations méconnues. L’attention s’est d’abord focalisée sur la première lignée, qualifiée de «double mutant», qui contenait la plupart des échantillons séquencés et une mutation sur un site sensible du génome viral.

Mais on constate ces dernières semaines que la sous-lignée n°2 du variant «indien» est en progression rapide par rapport aux deux autres, comme le montre ce graphe:

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Proportion des différentes lignées dans l’ensemble des virus séquencés en Inde dans la base Gisaid jusqu’à fin avril. Variant «indien»: B.1.617.1 est en bleu foncé et B.1.617.2 en bleu clair. D’après le site Outbreak.info, Julia Mullen et al., Center for Viral Systems Biology de l’université Tulane.

Jusqu’à présent, les trois lignées du variant indien étaient considérées, par l’OMS et les autres agences sanitaires compétentes (CDC, ECDC, etc.), comme de simples «variants d’intérêt», à surveiller dans l’attente de données plus précises.

Changement de statut. Les capacités de séquençage de l’Inde sont réduites, ce qui limite l’interprétation des données épidémiologiques sur les variants. Le Royaume-Uni, en revanche, dispose sans doute du meilleur système de surveillance génomique au monde, et ses liens étroits avec l’Inde en font le meilleur candidat pour comprendre le variant indien.

Or, le 7 mai dernier, Public Health England a décidé de changer le statut de la lignée n°2 du variant indien (B.1.617.2) face à la recrudescence de cas observée en Angleterre. De variant d’intérêt parmi huit autres, il passe désormais au statut de «variant préoccupant» aux yeux de l’agence publique. Il rejoint ainsi le podium des variants britannique, brésilien et sud-africain.

Le 10 mai, l’OMS a décidé d’emboîter le pas à l’agence britannique en qualifiant elle aussi, et donc cette fois à un niveau global, le variant indien de «variant préoccupant».

En Angleterre. Les autorités sanitaires britanniques relèvent à ce jour 790 cas de variants indiens identifiés sur le sol anglais, dont 529 relatifs à la sous-lignée n°2 (B.1.617.2). Et ce, deux semaines seulement après la première identification du variant «indien» sur le territoire britannique. Le variant progresse nettement, tant en nombre absolu de cas qu’en proportion de cas séquencés.

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Pourcentage des variants d’intérêt ou préoccupants dans le nombre total de cas séquencés en Angleterre, liés à un voyage récent (en bas) ou non (en haut). Le variant indien n°2 est en mauve. Source: Public Health England.

La Pre Sharon Peacock, directrice du consortium COG-UK, chargé de coordonner la surveillance génomique au Royaume-Uni, dans un commentaire publié sur Science Media Centre:

«Il y a eu une augmentation rapide du nombre de cas infectés avec B.1.617.2 en Angleterre la semaine dernière (avec un nombre de cas passé de 202 à 520), avec des points chauds à Londres et dans le Nord-Ouest.» Le nombre de cas avec un historique de voyage représente désormais une minorité du total (n = 157), ce qui indique l’existence d’une transmission communautaire.»

Les données géographiques dévoilées par PHE montrent que le variant indien n°2 progresse dans pratiquement toutes les régions d’Angleterre où il est identifié. Il représente environ 50% des cas séquencés dans le cadre des retours de voyage, mais aussi – déjà – 5% de tous les cas séquencés en Angleterre ces derniers jours.

Par rapport au variant britannique. Sur la base de ces données et d’autres, Public Health England estime que le variant indien n°2 présente une transmissibilité «au moins aussi importante» que l’actuel variant «britannique» B.1.1.7, dominant dans toute l’Europe, et ce avec un niveau de confiance «modéré».

Deux hypothèses se dessinent:

  • Si le variant indien est aussi transmissible que le variant britannique, il ne faut pas attendre de changement notable de la situation.

  • S’il s’avère plus transmissible, il pourrait donner du souffle à une épidémie en perte de vitesse importante en Europe.

Sur Science Media Centre, le Pr Nick Moman, spécialiste en génomique microbienne à l’université de Birmingham et membre du consortium COG-UK, explique pourquoi la confiance en ce résultat est encore modérée:

«Le nombre absolu de cas au Royaume-Uni reste faible mais le taux de progression (du variant "indien" B.1.617.2, ndlr.) est assez élevé, bien qu’à ce stade il soit difficile de dire si c’est lié à une caractéristique biologique du variant. Dans ce contexte, cette progression semble alarmante mais même un variant moins ou aussi transmissible que B.1.1.7 (le variant "britannique" dominant, ndlr.) pourrait montrer un tel effet si un grand nombre de cas sont importés sur une courte période.»

Plus transmissible… et après? Toujours selon PHE, les données disponibles à ce jour sont trop parcellaires pour statuer:

  • sur une virulence accrue ou non du variant indien (c’est-à-dire sa capacité à susciter des formes graves de Covid-19),

  • sur la capacité de celui-ci à échapper aux anticorps issus d’une précédente infection ou de la vaccination.

Les premières études de laboratoire montrent même un effet réduit du variant indien sur les anticorps produits après vaccination. La bonne efficacité des vaccins à ARN messager, même contre les variants susceptibles d’échappement immunitaire, vient aussi tempérer ce risque.

Deux avis d’experts. Le Pr Antoine Flahault, épidémiologiste et directeur de l’Institut de santé globale de l’Unige:

«On a l’impression que les relations historiques entre le Royaume-Uni et son ancienne colonie, et la présence d’une forte diaspora indienne notamment autour de Londres, a favorisé la diffusion du virus. Que ce variant indien soit plus transmissible que le B.1.1.7, c’est inquiétant, car c’est le variant qui est devenu dominant presque partout dans le monde, aux États-Unis, en Europe, et en Inde avant cela. S’il gagne la compétition par rapport au variant britannique, c’est vraiment problématique.»

Sur les perspectives en Europe:

«L’Europe est sur les dents par rapport au variant indien, on a vu que finalement la reprise épidémique de décembre-janvier était clairement liée au variant britannique, donc la perspective d’un nouveau variant plus transmissible est inquiétante. Ce qui tombe bien c’est que le Royaume-Uni soit en forte décrue, donc le variant “indien” aura plus de mal à se déployer. Mais les prochaines semaines seront critiques pour l’Europe. On est partout dans une optique de déconfinement estival, et si jamais un variant voulait se déployer il pourrait trouver les interactions sociales nécessaires.»

Le Pr Didier Trono, directeur du laboratoire de virologie et génétique de l’EPFL, sur la capacité d’échappement aux vaccins:

«Sur la base d’analyses préliminaires, ce variant indien n’a pas l’air d’être très inquiétant sur le plan de l’échappement immunitaire. Je pense que dans les jours qui viennent on aura des études en laboratoire pour évaluer la capacité de neutralisation des vaccins utilisés en Suisse sur ce variant indien, c’est déjà en cours à l’EPFL par exemple. Les vaccins utilisés en Suisse déclenchent d’ailleurs une immunité encore assez forte contre des variants qui échappent à d’autres vaccins, comme le sud-africain.»

Sur la surveillance génomique en Suisse:

«Au-delà du séquençage systématique, comme c’est le cas aux HUG, on séquence en Suisse à près 10% des nouveaux cas positifs, donc si ce variant indien commence vraiment à devenir significatif on le verra. Je pense qu’il risque aussi de justifier la mise au point de PCR spécifiques, qui permettent d’avoir un résultat en quelques heures et de tester tous les patients hospitalisés, par exemple.»