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Covid-19: Faut-il s'inquiéter du variant découvert dans le Sud de la France?

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Dessin de Didier Raoult, directeur de l'IHU Méditerranée, et d'un coronavirus (Image d'illustration) | Montage Heidi.news, d'après Franck Sabattier et Pixabay

Votre question. Un nouveau «super variant» de Sars-Cov-2, virus du Covid-19, a-t-il été identifié en France? Un lecteur nous pose la question, à la lecture de plusieurs articles de presse anglophones, par exemple sur Forbes ou Business Insider, faisant état d’un nouveau variant identifié chez des patients à Forcalquier, près de Marseille.

Baptisé B.1.640.2, selon la nomenclature scientifique en vigueur, il a été surnommé «IHU» par les chercheurs de l’institut marseillais du même nom, menés par le controversé Didier Raoult. Leurs travaux, qui n’ont pas encore été validés par les pairs ni publiés dans une revue scientifiques, sont disponibles en prépublication. Selon les auteurs, le patient index serait un voyageur de retour du Cameroun. Que faut-il en penser?

La réponse de Sarah Sermondadaz, journaliste scientifique pour Heidi.news. Cher lecteur, merci pour votre question. Celle-ci m’a d’abord surprise, car le variant en question n’avait pas particulièrement ému la presse française jusque-là. Dans les faits, la médiatisation de ce nouveau variant semble surtout témoigner d’un emballement injustifié pour l’instant.

Les faits. Ils ne plaident pas pour l’affolement à ce stade.

  • Les mutations. Elles sont au nombre de 46 par rapport à la souche originelle du virus, dont 25 substitutions et 33 délétions. Mais le nombre de mutations en soi ne dit pas grand-chose du potentiel d’un variant. Omicron, par exemple, en comporte plus de 50. Il a fallu attendre les remontées épidémiologiques pour déterminer qu’il était très transmissible et capable d’échappement immunitaire. Même aujourd’hui, la situation n’est pas encore tout à fait claire.

  • Le nombre de cas détectés. Pour l’instant, seuls 20 génomes séquencés ont été transmis à la plate-forme Gisaid, la base de données mondiale employée par les virologues. La première séquence a été transmise le 4 novembre 2021, mais depuis début décembre, seule une nouvelle séquence a été ajoutée, ont rappelé les experts de l’OMS, cités par le New York Times.

  • En comparaison, le variant Omicron, ajouté sur Gisaid le 23 novembre 2021, compte désormais plus de 120’000 génomes séquencés. Comprendre: le variant IHU, loin de se diffuser massivement, semble plutôt s’éteindre, en compétition avec d’autres souches plus transmissibles. Comme l’a souligné Tom Peacock, virologue à l’Imperial College de Londres:

«B.1.640.2 est en fait antérieur à Omicron. (…) Ce virus a eu une chance raisonnable de faire des siennes, mais pour autant qu’on puisse le dire à ce stade, ça ne s’est jamais vraiment concrétisé. (….) Il n’y a aucun signe qu’il soit en train de prendre son envol.»

L’emballement. Malgré tout, une vague de désinformation a déferlé sur les réseaux sociaux, attribuant au variant davantage d’hospitalisations en Provence-Alpes-Côtes d’Azur, sans source crédible.

François Balloux, directeur de l’institut de génétique de l'University College de Londres et professeur de biologie computationnelle, ne décolérait pas sur Twitter:

«Pour qui serait tombé sur des tweets alarmistes à propos de B.1.640.2, il est temps de se détendre. (..) [Ce variant] n’est pas à l’origine d’une résurgence dans le Sud de la France, et n’a pas envoyé des centaines de personnes en soins intensifs en France.»

Une part de l’affolement, outre-Atlantique tout du moins, semble être partie d’une série de tweets d’un épidémiologiste américain très suivi, et qui ont depuis été supprimés.

L’affaire a malgré tout pris d’incroyables proportions. Le 3 janvier, l’OMS a dû rappeler que B.1.640 avait été placé sous surveillance (Variant Under Monitoring) dès sa découverte en novembre 2021.

Interrogé sur ce point lors de son point presse hebdomadaire le 4 janvier, l’OFSP a déclaré ne pas être inquiet de la situation.

Les précédents. A noter que l’équipe de l’IHU Méditerranée n’en est pas à un coup d’essai quant au fait de vouloir donner au Sud de la France «son» variant. En 2021, une équipe du même institut faisait état d’un autre variant, cette-fois baptisé Marseille-4

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